Die Anfangszeit unserer Loge wird auf das Jahr 1752 datiert. Die Gründer waren von König Friedrich II. nach Brandenburg-Preußen berufene Franzosen, Akzisebeamte, Gelehrte und Künstler, wohl überwiegend französische Freimaurer. Diese bildeten in Berlin ein französisches Kränzchen. Die Übergabe des Patentes durch die National-Mutterloge Zu den drei Weltkugeln verzögerte sich allerdings auf den 12. April 1761. Denn die unter dem Namen De l’Amitié aux trois Colombes gegründete neue Loge wollte auch deutsche Mitglieder aufnehmen. Sie führte ihre erste Arbeit in deutscher Sprache bereits am 28. Dezember 1771 durch, arbeitete aber bis 1795 vornehmlich in franzö­sischer Sprache.

Im Jahre 1764 gab es einen grundlegenden Wandel in der Berliner Freimaurerei. Die Mutterloge Zu den drei Welt­kugeln trat zur strikten Observanz über, die l’Amitié lehnte die Rektifizierung ab und blieb beim altenglischen System. Sie suchte nunmehr maure­ri­sche Anerkennung bei der Großen Loge von England. Edward August Herzog von York, der Bruder des britischen Königs Georg III. übernahm am 2. August 1765 das Ehrenamt eines Protektors. Ihm zu Ehren nannte sich die Loge nun um in Royale York de l’Amitié.

Das zu Nr. 330 der Großen Loge von England eingetra­ge­ne und am 24. Juni 1767 übergebene Patent verlieh der Loge eine feste, nur von der Großen Loge von England abhängende Stellung. Dies war noch nicht die Stellung einer eigenständigen Großloge. Sie enthielt jedoch die Berechtigung, neuen Logen im Namen der Großen Loge von England das Zusammentreten zu erlauben und das Konstitutionspatent zu vermitteln.

Die Royale York de l’Amitié stiftete unter der Autorität der Großen Loge von England zwischen 1765 und 1793 mittel- und unmittelbar 19 Tochterlogen. Spätestens nach Grün­dung der dritten Tochterloge Friedrich zur Freund­schaft in Kassel im Jahre 1773 war sie eigentlich eine Groß­loge.

In den 1790er Jahren ging eine Veränderung vor, sowohl sprachlich als auch inhaltlich. 1795 wurde der Primat der französischen Sprache aufgegeben, 1796 beschloss der Hohe Rat eine Reform der Gesetze und Rituale. Ab Mai 1796 nahm Ignaz Aurelius Feßler an dieser Reform teil. Er und Ernst Ferdinand Klein, ein burgenländischer Pfarrer und ein schlesischer Hofjurist, sollten in den folgenden zehn Jahren maßgeblich die Geschicke der Großen Loge Royal York zur Freundschaft beeinflussen.

Die singuläre Loge „Royale York de l’Amitié“ zählte 1798 einschließlich der Deputations- und Tochterlogen mehr als 800 Mitglieder. Deshalb wurden die Berliner Brüder auf vier neu gegrün­dete Logen, nämlich

„Urania zur Unsterblichkeit",

„Friedrich Wilhelm zur gekrönten Gerechtigkeit",

„Zur siegenden Wahrheit" und

„Pythagoras zum flammenden Stern"

aufgeteilt. Die Mutter-Loge „Royale York de L'Amitié" blieb danach unter dem deutschen Namen "Große Loge Royal York zur Freundschaft" als Dachorganisation dieser vier Gründungs-Tochterlogen sowie der bereits gegründeten und der später neu zu gründenden Tochterlogen bestehen und betätigt sich seitdem als Aufsicht führende und die Arbeiten der Töchter anleitende und fördernde Großloge.

Vor der erzwungenen Selbstauflösung am 6. Juli 1935 umfasste die Große Loge Royal York zur Freundschaft eine Provinzialgroßloge, 23 Innere Oriente, 110 Johannislogen und 17 Freimaurerkränzchen mit ungefähr 12.000 Mitgliedern auf deutschem Boden. In den Jahren des Verbots (1935-1945) blieben viele Brüder in guter privater Verbindung miteinander. Nach Kriegs­ende versuchten diese, die Bauhütten wieder­aufzubauen.

Am 27. März 1946 gelang es trotz der in Berlin herrschenden politischen Schwierigkeiten im amerikanischen Sektor der Stadt, die „Große Loge Royal York genannt zur Freundschaft" und ihre vier Stammlogen wieder neu zu konstituieren. Allerdings war die Genehmigung mit der Auflage verbunden, die Tätigkeit auf den amerikanischen Sektor Berlins (später auf die Westsektoren) zu beschränken. Dadurch verlor die Große Loge Royal York zur Freundschaft ihre sich nach und nach wiederbelebenden westdeutschen Tochterlogen.

Die Bruderschaft in Berlin war durch die Ereignisse während der Zeit des Verbots stark dezimiert. Die ersten Zusammenkünfte mussten außerdem behelfsmäßig in Räumen verschiedener Berliner Lokale stattfinden. Das Logenhaus in der Dorotheenstraße war zerstört, das Grundstück lag zudem im Ostsektor. Ab 1947 konnten unsere Brüder ihre Arbeiten wenigstens in einem von der „Großen National-Mutterloge zu den drei Weltkugeln" gepachteten Haus in Berlin-Steglitz, Ahornstraße, bzw. in dem zum Teil zerstörten Logenhaus der „Großen Landesloge der Freimaurer" (Freimaurer Orden) in Berlin-Schöneberg, Eisenacher Straße, durchführen. Diese wechselseitige Hilfe der bis 1935 in einem Verein zusammengeschlossenen drei Altpreußischen Großlogen hat sich bis heute erhalten.

Am 21. August 1954 erfolgte durch das „Brüderliche Übereinkommen" von Coburg der Zusammen­schluss der „Vereinigten Großloge in Berlin“ der auch die Große Loge Royal York zur Freundschaft angehörte, mit der damaligen „Vereinigten Großloge von Deutsch­land“, das ist die heutige „Großloge der Alten Freien und Angenommenen Maurer von Deutschland“. Seitdem sind die vier Gründungstochterlogen der „Großen Loge Royal York zur Freundschaft" Mitgliedslogen der „Großloge der Alten Freien und Angenommenen Maurer von Deutschland“. Die Große Loge Royal York zur Freundschaft besteht gleichwohl – wenn auch als vorläufig suspendierte Großloge – fort in der Traditionspflege für ihre ehemaligen Tochterlogen sowie in der Arbeit ihrer Inneren Oriente und Ihres Innersten Orients. Für diese hat die Große Loge Royal York zur Freundschaft eigenständige Konkordate und Besuchsabkommen mit den der Vereinigten Großloge von Deutschland angehörenden Großlogen abgeschlossen. Ihre Regularität ist damit gewährleistet.